Касса привязывается к одному юрлицу, поэтому чеки будут пробиваться автоматически по поездкам интеграции, которая привязана к этому юрлицу с кассой АТОЛ. Если нужны чеки по интеграциям, которые привязаны к другим юрлицам, заведите кассу для каждого юрлица в личном кабинете.